Pada tahun 1999, ATOS baru bergabung dengan Hyundai Line-up dalam upaya meningkatkan ulasan buruk awal tersebut. Mobil itu dilengkapi dengan mesin Epsilon Straight 4 yang mengembangkan 55 hp. Dua tahun kemudian, mobil menerima versi yang ditingkatkan dari itu, Cranking 58 HP dan juga gearbox otomatis 4-speed baru sebagai opsi. Interior diberi makeover untuk mencegah finishing terlihat sangat murah. Sementara mobil itu lebih baik daripada model aslinya, itu masih jauh dari apa yang seharusnya dipikirkan publik, mobil kota. Perbaikan lebih lanjut akan dilakukan dengan diperkenalkannya model 2005, membawa kualitas ke tingkat yang layak.