Setelah tiga tahun di pasar, CLK harus diubah karena peraturan emisi Euro 4 baru. Seiring dengan mesin baru, mobil menerima beberapa pembaruan desain. Mercedes-Benz tidak memiliki coupe e-class yang tepat setelah pensiun generasi W124. Itu tidak memiliki apa pun untuk menentang coupe 3-seri juga. Jadi, ia memutuskan untuk membangun campuran coupe berdasarkan platform C-Class W203 dengan beberapa gaya yang terinspirasi oleh E-Class W212. Model 2005 menyimpan bentuk yang sama untuk lampu depan, dengan lampu bundar kembar di setiap sisi. Dibandingkan dengan versi tahun 2002, mereka memiliki lensa yang jelas. Grille menerima tiga bilah, bukan empat seperti pada versi non-facelifted. Lampu belakang juga didesain ulang. Kedua bumper menerima desain baru. Interior ditingkatkan dengan memperkenalkan sistem infotainment Command 2.0 baru, yang menampilkan sistem navigasi berbasis DVD. Ini juga memungkinkan integrasi iPod melalui port eksternal yang dipasang di kompartemen sarung tangan. Desain tumpukan tengah dimodifikasi, dan perintah sebelumnya yang dibawa dari kelas C diganti dengan yang lebih baru. Di bawah kap, CLK ditawarkan dengan pilihan bensin dan mesin diesel berkisar antara 150 hp dan 388 hp. Terlepas dari mesin dasar (150 hp diesel, 163 hp, dan 184 unit bensin HP), semua versi lain menerima gearbox 7G-Tronic baru.