Versi Audi A3 yang lebih kuat diperkenalkan pada tahun 1999 di bawah nameplate Audi S3. S3 berbagi platform dengan TT, serta dengan VW Golf, Seat Leon, dan Skoda Octavia. Model facelifted menjadi hidup pada tahun 2001 dan menampilkan pembaruan desain eksterior, serta peningkatan kinerja. Secara estetika, perubahan paling penting adalah indikator giliran baru yang sekarang terintegrasi dalam lampu depan, revisi sayap depan dan cluster cahaya belakang. Di dalam, trim interior sedikit ditingkatkan dengan jam digital dan paket audio yang berbeda. Mesin bensin turbocharged 1,8 liter ditingkatkan dengan teknologi timing katup variabel, S3 baru sekarang mendapat manfaat dari dorongan 15 HP. Fitur standar yang tersedia dengan S3 termasuk headlamp HID Xenon, pencuci lampu, lampu kabut, roda paduan 17 inci, kursi kulit recaro, kontrol iklim, kontrol traksi elektronik, dan program stabilitas elektronik. Pilihan yang berdiri sendiri termasuk sistem audio bose premium, changer CD 6-disc yang dipasang oleh trunk, cat logam, paduan 18 inci yang lebih besar, sunroof kaca, bantuan parkir, kursi depan dipanaskan, kontrol kapal pesiar, dan kombinasi kapal jok kursi. Meskipun dipasarkan sebagai "quattro", S3 sebenarnya dilengkapi dengan sistem haldex yang dirancang untuk menyesuaikan traksi tergantung pada tingkat cengkeraman. Audi S3 tidak tersedia untuk pembelian di pasar Amerika Utara.