Pada tahun 1999, Horacio Pagani memperkenalkan Zonda di Geneva Motor Show dan mengubah cara supercar terlihat dan dibangun sejak saat itu. Pagani merancang mobil sebagai penghormatan kepada salah satu pengemudi balap terbesar di dunia, The Argentina Juan Manuel Fangio. Itulah salah satu alasan mengapa ia memilih untuk memberi daya pada supercars dengan mesin Mercedes-Benz. Tetapi selain mesin, itu adalah tampilan mobil. Itu hanya mencair dari dunia ini. Di depan, mobil menampilkan empat lampu individu yang muncul di tengah jalan melalui fender. Desain kabin maju berarti bahwa ada gelembung yang lebih besar lebih dekat ke roda depan dan ujung belakang yang miring. Kokpitnya tampak seperti pesawat ruang angkasa, dengan akhir yang lebih sempit. Splitter depannya menampilkan bilah vertikal yang membagi aliran udara, seperti mobil balap F1. Pembuat mobil menambahkan dua sayap di atas tutup kompartemen mesin di belakang. Mereka tidak ada di sana untuk tampilan dan benar-benar menciptakan downforce. Di belakang, seperti tanda tangan untuk merek, Pagani mengelompokkan empat knalpot ke dalam cincin abu-abu metalik. Di dalam, Pagani Zonda menyempat menampilkan interior yang indah, cocok untuk mobil yang lebih mahal daripada rolls-royce. Tidak ada airbag untuk pengemudi atau sistem infotainment yang mewah. Itu adalah kendaraan yang dibuat untuk kecepatan, dan kursi yang didukung tinggi dan roda kemudi flat-bottom mengkonfirmasi itu. Pagani memasang mesin 7,3 liter, aspirasi alami yang disediakan oleh AMG, divisi olahraga Mercedes-Benz, merek yang mengetahui ketenaran dan kemuliaan dengan Juan Fangio Magnificent Motor Racing. Hanya 60 unit yang pernah dibuat.