Setelah peluncuran generasi kedua stasiun A6-Wagon pada tahun 1998, Audi memperkenalkan versi S6 Avant yang lebih kuat pada tahun 1999, bersama dengan sedan S6. Generasi kedua Audi S6 Avant didasarkan pada platform C5 yang baru dikembangkan. Itu lebih dari A6 Avant dengan lencana yang berbeda. Itu ditawarkan dengan mesin yang lebih kuat dan suspensi kaku yang membuat mobil ditanam di jalan. All-wheel-drive dipasang sebagai standar. Ada beberapa perbedaan antara S6 Avant yang ganas dan A6 Avant biasa. Roda paduan cahaya memiliki desain yang terinspirasi oleh Audi TT. Fender depan dan kusen sedikit lebih lebar. Suspensi yang diturunkan dan kaku direkayasa khusus untuk kisaran S6. Dua pipa knalpot dengan tip krom dipasang sebagai standar di mobil. Lencana pada grille dan satu di belakang menyelesaikan perbedaan eksterior. Di dalam, S6 menampilkan kursi yang didukung tinggi untuk penumpang depan, yang memastikan dukungan sisi yang lebih baik di sudut. Satu set kursi olahraga-bucket yang dirancang oleh Recaro ada di daftar opsi. Bangku split-folding belakang disimpan, kalau-kalau ada sesuatu yang panjang dan berat harus dikirim dengan cepat di sisi lain negara. Di sisi teknik, Avant S6 adalah mobil yang sama sekali berbeda dari sisa kisaran A6. Sistem all-wheel-drive disetel untuk kinerja, dengan diferensial pusat torsen, dan kunci diferensial elektronik baik depan dan belakang (EDL) dikelola oleh sistem ESP BOSCH. Mesinnya adalah V8 4.2 liter dengan 340 hp, 40 lebih dari standar AUDI A6 4,2-liter. Mobil ini tersedia dengan manual 6 kecepatan atau auto 5 kecepatan, dengan override manual untuk mengganti gigi (tiptronic).