Setelah empat tahun di pasar, generasi ketiga dari E-Class disegarkan dengan facelift yang layak dan sekitar 2000 komponen berubah menjadi mobil. E-Class Estate Facelifted (Station-Wagon), dirilis di New York International Auto Show 2006. Salah satu kejutan besar pertama bagi pelanggan adalah bahwa harga dasar untuk unit empat dan enam silinder tetap sama seperti sebelumnya, meskipun versi diesel dasar naik 20 tenaga kuda lagi. Di luar, E-Class menerima bumper dan grille baru yang menampilkan sandaran khas. Mercedes-Benz meningkatkan detail fascia twin-headlamp, dengan sisi atas transparan untuk pola petir yang lebih baik. Di belakang, penerima stasiun-wagon e-class S211 dipimpin untuk sisi samping. Satu set kusen samping dan bumper belakang baru dipasang untuk level Trim Avantgarde. Di bagian dalam, ada roda kemudi baru, dan sistem kontrol iklim Thermatic dipasang sebagai standar pada semua kisaran. Bahan dan warna baru ditambahkan ke daftar opsi. Modifikasi yang paling penting dibuat di bawah kulit. Untuk rem, facelift memperkenalkan sistem rem adaptif alih-alih kontrol rem sensotronik. Untuk mesin, pelanggan memiliki pilihan tiga belas versi. Enam dari mereka baru atau dikembangkan lebih lanjut. Mesin top-of-the-line baru adalah 5,5 liter V8 di E 500.